ランドマーク（LM）解析とは スーパーランドマーク解析とは 必要なパッケージとデータの読み込み 使用するスーパーランドマーク解析の概要 cutLM( )を使ってLM解析用データセットを準備する。 おわりに 参考資料 ランドマーク（LM）解析とは Immortal time b…

Immortal time biasとは ランドマーク（LM）解析とは dynpredパッケージを使ってシンプルなLM解析を行う 必要なパッケージの読み込みと模擬データ作成 元データを通常どおり解析する cutLM( )を使ってランドマーク解析を行う cutLM( )を使わない場合 おわり…

パッケージとデータセットの準備 想定する多状態モデル transMat( )を使って遷移行列（transition matrix）を指定する path( )で遷移経路を確認する msprep( )でデータを縦長に変形する events( )で移行の様子を確認する coxph( )とmisfit( )を使ってモデル…

柔軟なリスク回帰モデル（flexible risk regression model）とは 色々なパッケージを使ってFine-Grayモデルを当てはめる パッケージとデータセットの準備 方法1：timeregパッケージ comp.risk( )を使う 方法2：riskRegressionパッケージ riskRegression( )を…

競合リスクを含んだ生存時間解析 原因別ハザードモデル（cause-specific hazard model） 部分分布ハザードモデル（subdistribution hazard model） tidycmprskパッケージを使ってFine-Grayモデルに当てはめる パッケージとデータセットの準備 crr( )でモデル…

最終的に必要なデータ構造 tmerge( )でデータ整形する 3つのデータを用意する tstart, tstopを追加する 時間依存性共変量データを追加する イベント発生データを追加する 累積回数を追加する Cox比例ハザードモデルで解析する おわりに 参考資料 生存時間デ…

イベント1種類, 1人1回まで（単純型, simple type） イベント1種類, 1人2回以上可（反復型, repeated type） イベント複数種類, 1人1回まで（競合型, competing type） イベント複数種類, 1人2回以上可（多状態型, multi-state type） おわりに 参考資料 The…

関数同士の関係式 定義 ハザード関数 累積ハザード関数 ハザード関数・累積ハザード関数を使う理由 解釈上の利点 解析上の利点 競合リスクがあるときに生じる問題 おわりに 参考資料 生存時間の解析方法を読んでいると色々な関数が登場するので、関係性含め…

jskm( )を使ってKaplan-Meier生存曲線を描く 信頼区間をつける 色パレットを変更する 線の種類を変更する 打ち切りマークを変更する Risk tableをつける 軸について色々 軸の目盛り間隔を変更する 軸の範囲・ラベルを指定する 検定結果を表示する 凡例を変更…

パッケージとデータの準備 in_np( )を使ってモデルに当てはめずに生存曲線を描く in_sp( )を使ってセミパラメトリックモデルを当てはめる 複数コアで並列計算したいとき in_par( )を使ってパラメトリックモデルに当てはめる おわりに 参考資料 生存時間デー…

パッケージとデータの準備 補対数-対数プロットを使って検証する Schoenfeld残差を使って検証する ggcoxdiagnostics( )を使って残差プロットを描く 時間依存性共変量を使って検証する おわりに 参考資料 Cox比例ハザードモデル（Cox proportional hazard mod…

survidiff()を使ってLog-rank検定を行う Log-rank検定以外の方法を使う 層別Log-rank検定を行う 3つ以上の群間で生存曲線を比較する おわりに 参考資料 生存曲線が群間で等しいかどうかを検定するときにはLog-rank検定が使われる。 これは「群間でハザード関…

パッケージとデータの準備 Coxモデルへ当てはめる ggadjustedcurves( )を使ってadjusted survival curveを描く 群間で患者背景を揃えた生存曲線 新規患者に期待される生存曲線 おわりに 参考資料 Cox比例ハザードモデル（Cox proportional hazard model, CPH…

ggsurvplot( )を使ってKaplan-Meier生存曲線を描く 信頼区間をつける 色パレットを変更する 線の種類を変更する 打ち切りマークを変更する 中央値を示す補助線をつける Risk tableをつける 軸について色々 軸の目盛り間隔を変更する 軸の単位を変更する 軸の…