分散分析（ANOVA）：球面性仮定

分散分析で満たすべき仮定として球面性の仮定（the assumption of sphericity）*1をよく目にしますが、きちんと勉強したことがなかったので（わかるところだけ）読んでみました。分散分析に必要な仮定球面性の仮定とは 2水準間の差の分散に基づいた定義方…

2023-06-02

分散分析（ANOVA）：固定効果と変量効果

maths/theory clustered/repeated matching/paired neco

分散分析（Analysis of Variance, ANOVA）を学ぶ目的でKutner先生のApplied Linear Statistical Models（5th edition）を拾い読みし始めました。前回は二元配置分散分析で分散分析表を作るところまで確認しました。。 necostat.hatenablog.jp 今回は要因の…

2023-03-28

混合効果モデルで変化点を探す：Stanを使ったベイズ統計モデリング [R]

Bayes/Stan clustered/repeated R neco

以前、segmentedパッケージを使って変化点を探す方法を調べました。 necostat.hatenablog.jp segment( )はglmオブジェクト（=glm関数で当てはめたモデル）とlmeオブジェクト（=変量効果を含む線形回帰モデル）には対応しているんですが、lme( )は変量効果を…

2022-07-16

生存時間データ分類(4)：Multi-state type（mstateパッケージ）[R]

survival clustered/repeated bias figure/table R

パッケージとデータセットの準備想定する多状態モデル transMat( )を使って遷移行列（transition matrix）を指定する path( )で遷移経路を確認する msprep( )でデータを縦長に変形する events( )で移行の様子を確認する coxph( )とmisfit( )を使ってモデル…

2022-07-12

生存時間データ分類(2)：Repeated type（tmerge関数）[R]

survival time-dependent clustered/repeated R neco

最終的に必要なデータ構造 tmerge( )でデータ整形する 3つのデータを用意する tstart, tstopを追加する時間依存性共変量データを追加するイベント発生データを追加する累積回数を追加する Cox比例ハザードモデルで解析するおわりに参考資料生存時間デ…

2022-07-10

生存時間データ分類(1)：生存時間データには4つのタイプがある

survival maths/theory time-dependent clustered/repeated

イベント1種類, 1人1回まで（単純型, simple type）イベント1種類, 1人2回以上可（反復型, repeated type）イベント複数種類, 1人1回まで（競合型, competing type）イベント複数種類, 1人2回以上可（多状態型, multi-state type）おわりに参考資料 The…

2022-07-04

マルチレベルデータの解析方法(3)：一般化推定方程式（GEE）と混合効果モデル（MEM）のどちらを使うべきか

clustered/repeated maths/theory missing bias R

マルチレベルデータの解析推定方法の概要最尤推定法（Maximum Likelihood Estimation, MLE）制限付き最尤推定法（Restricted Maximum Likelihood Estimation, REML）一般化推定方程式（Generalized Estimating Equations, GEE） GEE vs. MEM 興味の対象 …