geom_contour関数で等高線を描く（ggplot2パッケージ）[R]

ggplot R

先日、ある変数の2次元分布をヒートマップを使って可視化する方法をまとめました。 necostat.hatenablog.jp ヒートマップで変数の区切りを細かくしていくと、滑らかなグラデーションにすることができます。見た目が綺麗になるのはいいんですが、色の差がわ…

2023-07-29

geom_tileを使って予測確率をヒートマップで表現する（ggplot2パッケージ）[R]

ggplot prediction/diagnostic R neco

ロジスティック回帰モデルなどから予測されるアウトカム発生確率（=予測確率）をグラフで可視化したいとします。 1つの変数に対して予測確率がどのように変化していくかを示したければ、折れ線グラフにしたり、変数をカテゴリー化して棒グラフで表したりする…

2022-10-16

RでTeX表記を使う（latex2expパッケージ）[R]

figure/table ggplot R neco

Tex( )でLaTeX表記を使う LaTeX表記の方法おわりに参考資料文字や図版などの要素を紙面に配置するという作業を「組版」というが、TeXはこの作業を行うために開発された言語。 LaTeX（ラテフ, ラテク）はTeXを使いやすくした無料の文書処理システムで、数…

2022-04-11

Kaplan-Meier生存曲線をキレイに描く（ggplot系jskmパッケージ）[R]

survival ggplot figure/table R neco

jskm( )を使ってKaplan-Meier生存曲線を描く信頼区間をつける色パレットを変更する線の種類を変更する打ち切りマークを変更する Risk tableをつける軸について色々軸の目盛り間隔を変更する軸の範囲・ラベルを指定する検定結果を表示する凡例を変更…

2021-10-25

カラーパレットで色を指定する（RColorBrewer, viridis, ggsciパッケージ）[R]

ggplot figure/table reporting R neco

グレースケールで描く RColorBrewerパッケージ viridisパッケージ ggsciパッケージ Nature Publishing Groups The New England Journal of Medicine (NEJM) Lancet The Journal of the American Medical Association (JAMA) Journal of Clinical Oncology 色…

2021-10-24

時系列データをグラフにする（ggplot2パッケージ）[R]

ggplot figure/table temporal R

時間・順序と組になっている変量をグラフにする geom_area( )で面グラフを描く geom_line( )で折れ線グラフを描く geom_ribbon( )でリボンプロットを描く geom_step( )で階段状プロットを描く geom_path( )で経路を表示するおわりに参考資料時間・順序と…

2021-10-23

1つの連続変数と1つのカテゴリー変数をグラフにする（ggplot2パッケージ）[R]

ggplot figure/table R neco

geom_boxplot( )を使って箱ヒゲ図を描く箱の形状に関する指定箱の色・線種に関する指定外れ値に関する指定 geom_violin( )でバイオリンプロットを描く stat_*( )との対応おわりに参考資料 ggplot2パッケージ（tidyverseパッケージに含まれている）のdia…

2021-10-22

2つの連続変数をグラフにする（ggplot2パッケージ）[R]

ggplot figure/table smoothing R

geom_point( )で散布図を描く geom_smooth( )で回帰直線・曲線を描く geom_rug( )で周辺ラグプロットを描くおわりに参考資料 ggplot2パッケージ（tidyverseパッケージに含まれている）のdiamondsデータを使う。 > library(tidyverse) > head(diamonds) # A…

2021-10-21

2つのカテゴリー変数をグラフにする（ggplot2パッケージ）[R]

ggplot figure/table R neco

geom_jitter( )で点をずらして描く geom_count( )で各カテゴリーの合計数をプロットする stat_sum( )との対応おわりに参考資料 ggplot2パッケージ（tidyverseパッケージに含まれている）のdiamondsデータを使う。 > library(tidyverse) > head(diamonds) #…

2021-10-20

1つの連続変数をグラフにする（ggplot2パッケージ）[R]

ggplot figure/table R

geom_histogram( )を使ってヒストグラムを描く geom_area( )を使って面グラフを描く geom_freqplot( )を使って折れ線グラフを描く geom_density( )を使って密度プロットを描く stat_bin( )との対応しているgeom_*関数おわりに参考資料 ggplot2パッケージ（…

2021-10-19

1つのカテゴリー変数をグラフにする（ggplot2パッケージ）[R]

ggplot figure/table R neco

geom_bar( )を使って棒グラフを描く geom_bar( )の引数を指定する stat_count( )との対応おわりに参考資料 ggplot2パッケージ（tidyverseパッケージに含まれている）のdiamondsデータを使う。 > library(tidyverse) > head(diamonds) # A tibble: 6 x 10 c…

2021-09-27

Cox比例ハザードモデルを当てはめてadjusted survival curveを描く（ggplot系survminerパッケージ）[R]

survival ggplot figure/table R neco

パッケージとデータの準備 Coxモデルへ当てはめる ggadjustedcurves( )を使ってadjusted survival curveを描く群間で患者背景を揃えた生存曲線新規患者に期待される生存曲線おわりに参考資料 Cox比例ハザードモデル（Cox proportional hazard model, CPH…