figure/table
Rもたいして使いこなせてないのにPythonの勉強を始めてみました。色々と素晴らしいチュートリアルはありそうですが、目移りしてしまうので公式チュートリアルを拾い読みしていきます。 NumPyのあとPandasチートシート(PDF)を中心に読んできましたが、今回…
Tex( )でLaTeX表記を使う LaTeX表記の方法 おわりに 参考資料 文字や図版などの要素を紙面に配置するという作業を「組版」というが、TeXはこの作業を行うために開発された言語。 LaTeX(ラテフ, ラテク)はTeXを使いやすくした無料の文書処理システムで、数…
パッケージとデータセットの準備 モデルの当てはめ tbl_regression( )で結果をキレイに表示する 変数の表示名を変更する 一部の変数の結果のみ表示する 係数やP値の桁数を変更する モデル当てはめに関する情報を追加する 表の体裁を変更する 太字・イタリッ…
パッケージとデータセットの準備 tbl_summary( )でキレイな背景表を作成する 群別に要約する 要約統計量を変更する 欠測の表示方法を変更する 変数の表示名を変更する 一部の変数の結果のみ表示する 表示する情報を追加する 表の体裁を変更する 太字・イタリ…
パッケージとデータセットの準備 想定する多状態モデル transMat( )を使って遷移行列(transition matrix)を指定する path( )で遷移経路を確認する msprep( )でデータを縦長に変形する events( )で移行の様子を確認する coxph( )とmisfit( )を使ってモデル…
競合リスクを含んだ生存時間解析 原因別ハザードモデル(cause-specific hazard model) 部分分布ハザードモデル(subdistribution hazard model) tidycmprskパッケージを使ってFine-Grayモデルに当てはめる パッケージとデータセットの準備 crr( )でモデル…
パッケージとデータセットの準備 ロジスティック回帰モデルを当てはめる var.prob( )を使って較正プロットを描く 表示される性能指標 Calibration intercept & slope*2の解釈 おわりに 参考資料 広い意味で予測モデルを含め、検査は真の状態を言い当てること…
画像データを投稿するときに確認すること 画像のフォーマットいろいろ ベクター画像 ビットマップ画像 解像度の確認・変更方法 Macの場合 Windowsの場合 おわりに 参考資料 画像データを投稿するときに確認すること Webページを作るわけでもなく、イラストを…
データの構造を要約・説明する手法 探索的因子分析の手順 使用するパッケージとデータセット 1. データの評価 KMO統計量 相関係数 2. 因子数の決定 VSS()を使ってMAP, BICに基づいた因子数を選択する fa.parallel( )を使って平行分析で因子数を選択する 3. …
jskm( )を使ってKaplan-Meier生存曲線を描く 信頼区間をつける 色パレットを変更する 線の種類を変更する 打ち切りマークを変更する Risk tableをつける 軸について色々 軸の目盛り間隔を変更する 軸の範囲・ラベルを指定する 検定結果を表示する 凡例を変更…
グレースケールで描く RColorBrewerパッケージ viridisパッケージ ggsciパッケージ Nature Publishing Groups The New England Journal of Medicine (NEJM) Lancet The Journal of the American Medical Association (JAMA) Journal of Clinical Oncology 色…
時間・順序と組になっている変量をグラフにする geom_area( )で面グラフを描く geom_line( )で折れ線グラフを描く geom_ribbon( )でリボンプロットを描く geom_step( )で階段状プロットを描く geom_path( )で経路を表示する おわりに 参考資料 時間・順序と…
geom_boxplot( )を使って箱ヒゲ図を描く 箱の形状に関する指定 箱の色・線種に関する指定 外れ値に関する指定 geom_violin( )でバイオリンプロットを描く stat_*( )との対応 おわりに 参考資料 ggplot2パッケージ(tidyverseパッケージに含まれている)のdia…
geom_point( )で散布図を描く geom_smooth( )で回帰直線・曲線を描く geom_rug( )で周辺ラグプロットを描く おわりに 参考資料 ggplot2パッケージ(tidyverseパッケージに含まれている)のdiamondsデータを使う。 > library(tidyverse) > head(diamonds) # A…
geom_jitter( )で点をずらして描く geom_count( )で各カテゴリーの合計数をプロットする stat_sum( )との対応 おわりに 参考資料 ggplot2パッケージ(tidyverseパッケージに含まれている)のdiamondsデータを使う。 > library(tidyverse) > head(diamonds) #…
geom_histogram( )を使ってヒストグラムを描く geom_area( )を使って面グラフを描く geom_freqplot( )を使って折れ線グラフを描く geom_density( )を使って密度プロットを描く stat_bin( )との対応しているgeom_*関数 おわりに 参考資料 ggplot2パッケージ(…
geom_bar( )を使って棒グラフを描く geom_bar( )の引数を指定する stat_count( )との対応 おわりに 参考資料 ggplot2パッケージ(tidyverseパッケージに含まれている)のdiamondsデータを使う。 > library(tidyverse) > head(diamonds) # A tibble: 6 x 10 c…
プロットマーカー 線 おわりに プロットマーカー マーカーの種類は引数pch*1(ggplot系ではshape)で数字を指定して変更できる。 ggpubrパッケージで凡例を表示できる。 library(ggpubr) show_point_shapes() 図1:マーカーの種類 中抜き:中は透明 0:四角 …
dput( )で変数名を書き出す 表示したい変数名を指定する カテゴリー変数として扱いたいものを指定する 表データを作成する 連続変数の詳細結果を表示する カテゴリー変数の詳細結果を表示する 体裁を整えて結果を表示する おわりに 参考資料 ここではsurviva…
パッケージとデータの準備 Coxモデルへ当てはめる ggadjustedcurves( )を使ってadjusted survival curveを描く 群間で患者背景を揃えた生存曲線 新規患者に期待される生存曲線 おわりに 参考資料 Cox比例ハザードモデル(Cox proportional hazard model, CPH…
ggsurvplot( )を使ってKaplan-Meier生存曲線を描く 信頼区間をつける 色パレットを変更する 線の種類を変更する 打ち切りマークを変更する 中央値を示す補助線をつける Risk tableをつける 軸について色々 軸の目盛り間隔を変更する 軸の単位を変更する 軸の…
パッケージとデータの準備 ROC曲線下面積(AUC)を計算する ggroc( )を使ってROC曲線を描く パイプ演算子%>%を使うことも可能 2つのAUCを比較する おわりに 参考資料 検査を使って真の状態(例えばある疾患に罹患しているかどうか)や予後を予測する際に、そ…