geom_tileを使って予測確率をヒートマップで表現する（ggplot2パッケージ）[R]

ggplot prediction/diagnostic R neco

ロジスティック回帰モデルなどから予測されるアウトカム発生確率（=予測確率）をグラフで可視化したいとします。 1つの変数に対して予測確率がどのように変化していくかを示したければ、折れ線グラフにしたり、変数をカテゴリー化して棒グラフで表したりする…

2022-07-17

予測性能指標のoptimism補正をまとめて行う（tidymodelsパッケージ, rmsパッケージ）[R]

prediction/diagnostic tidyverse bootstrap validation R neco

パッケージとデータセットの準備事前準備 bootstraps( )を使ってブートストラップサンプルを作成する関数を定義する optimismを計算する optimism補正性能指標を計算するおわりに参考資料予測性能には、識別能と較正能があって、内的妥当性検証の1つと…

2022-07-09

較正プロット（calibration plot）で較正能を評価する（rmsパッケージvar.prob関数）

prediction/diagnostic validation figure/table R neco

パッケージとデータセットの準備ロジスティック回帰モデルを当てはめる var.prob( )を使って較正プロットを描く表示される性能指標 Calibration intercept & slope*2の解釈おわりに参考資料広い意味で予測モデルを含め、検査は真の状態を言い当てること…

2022-07-01

ROC解析でoptimismを補正したAUCを計算する（tidymodelsパッケージ）[R]

prediction/diagnostic bootstrap bias validation tidyverse R neco

Optimismとは Optimism補正予測性能の求め方 tidymodelsパッケージを使ってoptimism-corrected AUROCを計算する bootstraps( )を使ってブートストラップサンプルを作成する optimismを計算する自作関数 map( )を使ってデータセットのリストに一括して適用す…

2022-04-07

罰則付き回帰モデル（LASSO回帰, Ridge回帰, Elastic Net）で過学習を抑える（glmnetパッケージ）[R]

variable selection prediction/diagnostic validation R neco

罰則付き回帰モデル（penalized regression model）で過学習を抑える LASSO回帰, Ridge回帰, Elastic Netは正則化項（ペナルティー）が違う glmnet( )でペナルティーの重みλを色々変えて係数βを推定する cv.glmnet( )で重み付けパラメータλを変えながらモデ…