geom_tileを使って予測確率をヒートマップで表現する（ggplot2パッケージ）[R]

ggplot prediction/diagnostic R neco

ロジスティック回帰モデルなどから予測されるアウトカム発生確率（=予測確率）をグラフで可視化したいとします。 1つの変数に対して予測確率がどのように変化していくかを示したければ、折れ線グラフにしたり、変数をカテゴリー化して棒グラフで表したりする…

2023-06-02

分散分析（ANOVA）：固定効果と変量効果

maths/theory clustered/repeated matching/paired neco

分散分析（Analysis of Variance, ANOVA）を学ぶ目的でKutner先生のApplied Linear Statistical Models（5th edition）を拾い読みし始めました。前回は二元配置分散分析で分散分析表を作るところまで確認しました。。 necostat.hatenablog.jp 今回は要因の…

2023-05-31

分散分析（ANOVA）：二元配置分散分析

maths/theory

分散分析（Analysis of Variance, ANOVA）を学ぶ目的でKutner先生のApplied Linear Statistical Models（5th edition）を拾い読みし始めました。前回は平方和と自由度の分割について、要因が1つの場合を使って確認しました。 necostat.hatenablog.jp 今回は…

2023-05-20

分散分析（ANOVA）：平方和と自由度の分割

maths/theory neco

分散分析（Analysis of Variance, ANOVA）を学ぶ目的でKutner先生のApplied Linear Statistical Models（5th edition）を拾い読みし始めました。今回は主に"Chapter 16： Single Factor Studies" から、分散分析の基本となる平方和・自由度の分割についてで…

2023-05-16

回帰モデルの結果を限界効果（marginal effect）で示す

glm maths/theory dichotomous

前回はロジスティック回帰モデルを（少しだけ）学び直してみました。 necostat.hatenablog.jp ここで扱ったNorton先生の文献では、オッズ比に代わるロジスティック回帰モデルの指標として限界効果（marginal effect）を推奨していましたので、簡単にどんなも…

2023-05-14

ロジスティック回帰モデルを学び直す

glm maths/theory dichotomous

分かったつもりで使っているけど、よくよく勉強し直したらあんまり分かってなかったことがよくあります。今回はロジスティック回帰モデル（ロジットモデル）について学び直してみました。読んだ文献は、以下のものです（学び直しと言いながら1本だけです。…

2023-05-11

変数の型と測定尺度の分類

terminology

データの要約や可視化を説明しようとすると、まずは変数の型を分類しましょうという話になります。変数の分類に関して扱っている記事は多いですが、これまでPubmed検索可能な論文まで辿ったことがなかったので勉強してみました。データ型の分類質的変数の…

2023-03-28

混合効果モデルで変化点を探す：Stanを使ったベイズ統計モデリング [R]

Bayes/Stan clustered/repeated R neco

以前、segmentedパッケージを使って変化点を探す方法を調べました。 necostat.hatenablog.jp segment( )はglmオブジェクト（=glm関数で当てはめたモデル）とlmeオブジェクト（=変量効果を含む線形回帰モデル）には対応しているんですが、lme( )は変量効果を…

2023-03-26

Segmented modelを使って変化点を探す（segmentedパッケージ）[R]

piece-wise R

ある点を境にしてアウトカムの変化が急激になっているように見えて、「変化点はどこなのか」あるいはそもそも「変化点があると言えるのか」を知りたいときがあると思います。僕もそういうときがあったので少し調べてみました。使用するパッケージとデータ…

2023-03-24

「割合」や「率」に対してオフセット項付きポアソン回帰モデルを当てはめる [R]

dichotomous R neco

アウトカムが「割合」、というか「試行数と成功数」として与えられているときに二項回帰モデルを当てはめる方法は以前まとめました。今回は「オフセット項」を使った回帰モデルに当てはめる方法をまとめてみようと思います。オフセット項（offset）とは使…

2023-03-22

試行数と成功数が与えられたデータに対して二項回帰モデルを当てはめる [R]

dichotomous R

アウトカムが2値変数のときに使う回帰モデルについては、以前まとめたことがあります。 necostat.hatenablog.jp 今回はアウトカムが「割合」、というか「試行数と成功数」として与えられているときの回帰モデルについてまとめてみます。使用するデータ cbin…

2023-02-12

Hoyle拾い読み：検証的因子分析（CFA）

SEM latent variable neco

構造方程式モデリング（Structural Equation Modeling, SEM）の初学者が、タイトルの "Handbook" に誘われて買ってしまったHoyle先生の分厚い本を拾い読みしたメモです。といっても、私にとって重すぎる内容は拾い上げられていません。今回は "Chapter 22…