ねこすたっと

ねこの気持ちと統計について悩む筆者の備忘録的ページ。

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データ行に対する操作(tidyverseパッケージ)[R]

filter( )で条件に該当する行を抽出する sample_n( )・sample_frac( )でランダムに抽出する distict( )で重複を取り除く top_n( )で順序をもとに抽出する arrange( )で順序どおりに並べ替える rownames_to_column( )で行番号を変数に追加する おわりに 参考…

比例ハザード性の仮定が成立しているか検証する[R]

パッケージとデータの準備 補対数-対数プロットを使って検証する Schoenfeld残差を使って検証する ggcoxdiagnostics( )を使って残差プロットを描く 時間依存性共変量を使って検証する おわりに 参考資料 Cox比例ハザードモデル(Cox proportional hazard mod…

Cox比例ハザードモデルを当てはめてadjusted survival curveを描く(ggplot系survminerパッケージ)[R]

パッケージとデータの準備 Coxモデルへ当てはめる ggadjustedcurves( )を使ってadjusted survival curveを描く 群間で患者背景を揃えた生存曲線 新規患者に期待される生存曲線 おわりに 参考資料 Cox比例ハザードモデル(Cox proportional hazard model, CPH…

級内相関係数(ICC)で測定の信頼性を評価する(irrパッケージ)[R]

McGraw & Wongの提唱する10種類のICC 信頼性評価の目的による分類とICCの選び方 ICCの解釈の目安 icc( )でICCを計算する おわりに 参考資料 測定の信頼性(reliability)とは、反復して測定したときにどれくらい安定して同じ測定値が返ってくるかということ…

Bland-Altmanプロットで測定の一致性を評価する(BlandAltmanLehパッケージ)[R]

Agreementの評価として相関係数を用いることは誤り 正しくはBland-Altmanプロットを用いる BlandAltmanLehパッケージでB-Aプロットを描く 基本関数のplot( )を使って描く ggplot系を使って描くこともできる タイがあるとき 必要な値を抽出する おわりに 参考…