回帰モデルの診断・評価(3)：多重共線性

この記事では回帰モデルにおける「多重共線性」について学んでみるつもりです。回帰モデルの満たすべき仮定の概要については以下の記事を参考にしてください。 necostat.hatenablog.jp necostat.hatenablog.jp 多重共線性とは多重共線性を疑う状況分散拡大…

2022-12-30

回帰モデルの診断・評価(2)：線形性

maths/theory validation R neco

この記事では回帰モデルが満たすべき前提条件のうち、「線形性」について評価する方法について学んでみるつもりです。回帰モデルの満たすべき仮定の概要については以下の記事を参考にしてください。 necostat.hatenablog.jp 線形性（linearity）の仮定とは C…

2022-12-28

回帰モデルの診断・評価(1)：正規性・等分散性・外れ値・独立性

maths/theory validation R neco

Rothman先生のModern Epidemiology（4th edition）の拾い読みシリーズとして"Chapter 21：Regression Analysis Part II: Model Fitting and Assessment" をまとめようと思ったんですが、もう少し統計学寄りの内容を勉強しようと思い、Applied linear statist…

2022-07-17

予測性能指標のoptimism補正をまとめて行う（tidymodelsパッケージ, rmsパッケージ）[R]

prediction/diagnostic tidyverse bootstrap validation R neco

パッケージとデータセットの準備事前準備 bootstraps( )を使ってブートストラップサンプルを作成する関数を定義する optimismを計算する optimism補正性能指標を計算するおわりに参考資料予測性能には、識別能と較正能があって、内的妥当性検証の1つと…

2022-07-09

較正プロット（calibration plot）で較正能を評価する（rmsパッケージvar.prob関数）

prediction/diagnostic validation figure/table R neco

パッケージとデータセットの準備ロジスティック回帰モデルを当てはめる var.prob( )を使って較正プロットを描く表示される性能指標 Calibration intercept & slope*2の解釈おわりに参考資料広い意味で予測モデルを含め、検査は真の状態を言い当てること…

2022-07-01

ROC解析でoptimismを補正したAUCを計算する（tidymodelsパッケージ）[R]

prediction/diagnostic bootstrap bias validation tidyverse R neco

Optimismとは Optimism補正予測性能の求め方 tidymodelsパッケージを使ってoptimism-corrected AUROCを計算する bootstraps( )を使ってブートストラップサンプルを作成する optimismを計算する自作関数 map( )を使ってデータセットのリストに一括して適用す…

2022-05-08

データ構造を要約・説明する(2)：検証的因子分析（lavaanパッケージなど）[R]

latent variable validation maths/theory R neco

因子分析とは検証的因子分析の手順使用するパッケージとデータセット 1. データの確認 2. 因子構造の指定 3. モデルの当てはめ 4. 推定結果の確認 4-1. 推定の概要 4-2. モデルの適合度 4-3. 推定値 4-4. パス図を描く 5. モデルの改善 5-1. 当てはまりの…

2022-04-07

罰則付き回帰モデル（LASSO回帰, Ridge回帰, Elastic Net）で過学習を抑える（glmnetパッケージ）[R]

variable selection prediction/diagnostic validation R neco

罰則付き回帰モデル（penalized regression model）で過学習を抑える LASSO回帰, Ridge回帰, Elastic Netは正則化項（ペナルティー）が違う glmnet( )でペナルティーの重みλを色々変えて係数βを推定する cv.glmnet( )で重み付けパラメータλを変えながらモデ…