2021-09-01から1ヶ月間の記事一覧
パッケージとデータの準備 in_np( )を使ってモデルに当てはめずに生存曲線を描く in_sp( )を使ってセミパラメトリックモデルを当てはめる 複数コアで並列計算したいとき in_par( )を使ってパラメトリックモデルに当てはめる おわりに 参考資料 生存時間デー…
![はてなブックマーク - 区間打ち切りデータ（interval censored data）を解析する（icenRegパッケージ）[R]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://necostat.hatenablog.jp/entry/2021/09/30/075554)
パッケージとデータの準備 補対数-対数プロットを使って検証する Schoenfeld残差を使って検証する ggcoxdiagnostics( )を使って残差プロットを描く 時間依存性共変量を使って検証する おわりに 参考資料 Cox比例ハザードモデル（Cox proportional hazard mod…
![はてなブックマーク - 比例ハザード性の仮定が成立しているか検証する[R]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://necostat.hatenablog.jp/entry/2021/09/29/075042)
survidiff()を使ってLog-rank検定を行う Log-rank検定以外の方法を使う 層別Log-rank検定を行う 3つ以上の群間で生存曲線を比較する おわりに 参考資料 生存曲線が群間で等しいかどうかを検定するときにはLog-rank検定が使われる。 これは「群間でハザード関…
![はてなブックマーク - 生存曲線をLog-rank検定で比較する（survdiff関数） [R]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://necostat.hatenablog.jp/entry/2021/09/28/062703)
パッケージとデータの準備 Coxモデルへ当てはめる ggadjustedcurves( )を使ってadjusted survival curveを描く 群間で患者背景を揃えた生存曲線 新規患者に期待される生存曲線 おわりに 参考資料 Cox比例ハザードモデル（Cox proportional hazard model, CPH…
![はてなブックマーク - Cox比例ハザードモデルを当てはめてadjusted survival curveを描く（ggplot系survminerパッケージ）[R]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://necostat.hatenablog.jp/entry/2021/09/27/070844)
ggsurvplot( )を使ってKaplan-Meier生存曲線を描く 信頼区間をつける 色パレットを変更する 線の種類を変更する 打ち切りマークを変更する 中央値を示す補助線をつける Risk tableをつける 軸について色々 軸の目盛り間隔を変更する 軸の単位を変更する 軸の…
![はてなブックマーク - Kaplan-Meier生存曲線をキレイに描く（ggplot系survminerパッケージ）[R]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://necostat.hatenablog.jp/entry/2021/09/26/100622)
McGraw & Wongの提唱する10種類のICC 信頼性評価の目的による分類とICCの選び方 ICCの解釈の目安 icc( )でICCを計算する おわりに 参考資料 測定の信頼性（reliability）とは、反復して測定したときにどれくらい安定して同じ測定値が返ってくるかということ…
![はてなブックマーク - 級内相関係数（ICC）で測定の信頼性を評価する（irrパッケージ）[R]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://necostat.hatenablog.jp/entry/2021/09/25/133843)
パッケージとデータの準備 ROC曲線下面積（AUC）を計算する ggroc( )を使ってROC曲線を描く パイプ演算子%>%を使うことも可能 2つのAUCを比較する おわりに 参考資料 検査を使って真の状態（例えばある疾患に罹患しているかどうか）や予後を予測する際に、そ…
![はてなブックマーク - ROC解析で識別能を評価する（pROCパッケージ, ggplot系ggroc関数）[R]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://necostat.hatenablog.jp/entry/2021/09/24/205617)
Agreementの評価として相関係数を用いることは誤り 正しくはBland-Altmanプロットを用いる BlandAltmanLehパッケージでB-Aプロットを描く 基本関数のplot( )を使って描く ggplot系を使って描くこともできる タイがあるとき 必要な値を抽出する おわりに 参考…
![はてなブックマーク - Bland-Altmanプロットで測定の一致性を評価する（BlandAltmanLehパッケージ）[R]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://necostat.hatenablog.jp/entry/2021/09/23/083843)
